Một trong những phương tiện giao thông nổi tiếng nhất ở Manila là xe jeepney. Theo khuôn mẫu sau chiếc xe jeep của Quân đội Hoa Kỳ, những chiếc xe này đã được sử dụng kể từ những năm sau Thế chiến thứ II. The Tamaraw FX, thế hệ thứ ba Toyota Kijang, cạnh tranh trực tiếp với xe jeepney và đi theo các tuyến cố định với một mức giá cố định, một khi đã đi qua các con phố ở Manila. Tất cả các loại phương tiện giao thông công cộng đi qua Manila đều thuộc sở hữu tư nhân và hoạt động dưới quyền thương mại của chính phủ.

Trên cơ sở cho thuê, thành phố được phục vụ bởi nhiều taxi, "xe ba bánh" (xe gắn máy với sidecars, phiên bản Philippine của xe kéo tự động), và "trisikads" hoặc "sikads", còn được gọi là "kuligligs" (xe đạp với một sidecars, phiên bản của pedicabs Philippines). Ở một số khu vực, đặc biệt là ở Divisoria, xích lô có động cơ là phổ biến. Ngựa Calesas thời Tây Ban Nha vẫn là một điểm du lịch nổi tiếng và phương tiện di chuyển trên các đường phố Binondo và Intramuros. Manila sẽ loại bỏ tất cả các xe ba bánh chạy bằng xăng và xích lô và thay thế chúng bằng xe ba bánh điện (e-trikes), và có kế hoạch phân phối 10.000 xe điện tử đến các tài xế xe ba bánh có trình độ từ thành phố. Tính đến tháng 1 năm 2018, thành phố đã phân phối các chuyến đi điện tử tới một số lái xe và nhà khai thác ở Binondo, Ermita, Malate và Santa Cruz.

Thành phố được phục vụ bởi Tuyến LRT 1 và Tuyến 2, tạo thành Hệ thống Giao thông Đường sắt Manila. Sự phát triển của hệ thống đường sắt bắt đầu vào những năm 1970 dưới thời tổng thống của Ferdinand Marcos, khi Tuyến 1 được xây dựng, biến nó trở thành phương tiện vận tải đường sắt nhẹ đầu tiên ở Đông Nam Á. Các hệ thống này hiện đang trải qua một sự mở rộng hàng tỷ đô la. Tuyến 1 chạy dọc theo chiều dài của Đại lộ Taft (N170 / R-2) và Đại lộ Rizal (N150 / R-9), và Tuyến 2 chạy dọc theo Đại lộ Claro M. Recto (N145 / C-1) và Đại lộ Ramon Magsaysay (N180) / R-6) từ Santa Cruz, qua Quezon City, đến Masinag ở Antipolo, Rizal.

Nhà ga chính của Đường sắt Quốc gia Philippines nằm trong thành phố. Một tuyến đường sắt đi lại trong Metro Manila đang hoạt động. Tuyến chạy theo hướng bắc-nam chung từ Tutuban (Tondo) về phía tỉnh Laguna. Cảng Manila, nằm ở phần phía tây của thành phố ở vùng lân cận Vịnh Manila, là cảng biển chính của Philippines. Dịch vụ phà Pasig River chạy trên sông Pasig là một hình thức vận chuyển khác. Thành phố cũng được phục vụ bởi Sân bay Quốc tế Ninoy Aquino và Sân bay Quốc tế Clark.

Năm 2006, tạp chí Forbes xếp Manila là thành phố tắc nghẽn nhất thế giới. Theo "Chỉ số hài lòng lái xe toàn cầu năm 2015" của Waze, Manila là thị trấn có lưu lượng truy cập tồi tệ nhất trên toàn thế giới. Manila nổi tiếng vì ùn tắc giao thông thường xuyên và mật độ cao. Chính phủ đã thực hiện một số dự án để giảm bớt lưu lượng giao thông trong thành phố. Một số dự án bao gồm: đề xuất xây dựng cầu cạn hoặc đường chui mới tại giao lộ của Đại lộ España và Đại lộ Lacson, việc xây dựng Metro Manila Skyway Giai đoạn 3, Dự án LRT Line 2 West Extension từ Đại lộ Recto đến Bến 4 của Cảng Bắc Manila, việc xây dựng tuyến đường Đông Tây PNR được đề xuất sẽ chạy qua Đại lộ España đến Thành phố Quezon, và mở rộng và mở rộng một số tuyến đường quốc gia và địa phương. Tuy nhiên, các dự án như vậy vẫn chưa tạo ra bất kỳ tác động có ý nghĩa nào, và tắc nghẽn giao thông và tắc nghẽn tiếp tục không suy giảm.

Kế hoạch Dream Manila Metro tìm cách giải quyết những vấn đề giao thông đô thị này. Nó bao gồm một danh sách các dự án ưu tiên ngắn hạn và các dự án cơ sở hạ tầng trung và dài hạn kéo dài đến năm 2030